Medresenin kimin tarafından yapıldığı tam olarak bilinmemektedir.
* Bazı kaynaklara göre Selçuklu Sultanlarından Sultan Secer”in annesi tarafından inşa edildiği,
* Bazı kaynaklarda da Ertuğrul Gazi ”torunlarından  Zeynep Hatun  tarafından,   yine  bazı kaynaklara  göre Artuklulardan  Necmettin  Alpi”nin  kızı  Zübeyde  Hatun tarafından,   inşa edildiği,
* Hatuniye medresesi tamamen Selçuklu mimari tarzındadır.
* Medresenin ayakta kalan mevcut duvarı üzerinde mükemmel taş işlemeciliği ve hat sanatına rastlanılmaktadır.