Medresenin kimin tarafından yapıldığı tam olarak bilinmemektedir.
* Bazı kaynaklara göre Selçuklu Sultanlarından Sultan Secer”in annesi tarafından inşa edildiği,
* Bazı kaynaklarda da Ertuğrul Gazi ”torunlarından Zeynep Hatun tarafından, yine bazı kaynaklara göre Artuklulardan Necmettin Alpi”nin kızı Zübeyde Hatun tarafından, inşa edildiği,
* Hatuniye medresesi tamamen Selçuklu mimari tarzındadır.
* Medresenin ayakta kalan mevcut duvarı üzerinde mükemmel taş işlemeciliği ve hat sanatına rastlanılmaktadır.